As Assembleias de Deus brasileiras estão organizadas em forma de árvore, na qual cada Ministério é constituído pela igreja-sede com suas respectivas filiadas, congregações e pontos de pregação (subcongregações). O sistema de administração é um misto entre o sistema episcopal e o sistema congregacional, por meio do qual os assuntos são previamente tratados pelo ministério, com forte influência da liderança pastoral, e depois são levados às assembleias para serem referendados apenas. Os pastores das Assembleias de Deus podem estar ligados ou não às convenções estaduais, e estas se vinculam a uma convenção de âmbito nacional. Particularmente na América do Sul, hoje existem muitas Assembleias de Deus autônomas e independentes.
